Patiënten die in aanmerking komen voor een dunnedarmtransplantatie lijden meestal aan permanent falen van de dunne darm. Dit kan verschillende oorzaken hebben bijvoorbeeld door: een zeer korte darm (dertig à veertig centimeter in plaats van de gangbare vier tot zes meter en bij kinderen zelfs nog korter), of door een motiliteitsstoornis (problemen met het voortstuwen van het voedsel).

De opname van voedingsstoffen door de darm is in beide gevallen onvoldoende. Voorheen waren patiënten met deze aandoening levenslang afhankelijk van kunstmatige voeding (parenterale voeding). Daarbij worden de voedingsstoffen direct aan het bloed toegevoegd. Dit kan op den duur tot levensbedreigende problemen leiden, zoals bloedvergiftiging of leverfunctiestoornissen.

Bij kinderen kunnen groeistoornissen optreden. Ook kunnen ernstige problemen ontstaan met de toediening van kunstmatige voeding via de aders. Na een succesvolle dunnedarmtransplantatie is de patiënt meestal niet meer afhankelijk van kunstmatige voeding.